Der Kirchenkreis Hameln-Pyrmont ist in fünf Regionen untergliedert:
Region 1: Stadt Bad Pyrmont
Region 2 und 3: Stadt Hameln
Region 4: Flecken Aerzen und Stadt Hessisch-Oldendorf
Region 5: Stadt Hameln und Gemeinde Emmerthal
Region 6: Stadt Bad Münder
Die Region 5 bildet seit 1. 1. 2022 die Arbeitschgemeinschaft "Verbundenes Pfarramt Emmer - Wesertal".
Dazu gehören diese Gemeinden:
Stadt Hameln
- Afferde, Kirchengemeinde St. Georg
- Hastenbeck-Voremberg, Kirchengemeinde Hastenbeck
- Tündern, Kirchengemeinde Tündern
Gemeinde Emmerthal
- Börry, Kirchengemeinde Börry und Kapellengemeinden Brockensen und Latferde
- Esperde, St. Marien-Kirchengemeinde
- Frenke, Kirchengemeinde Frenke
- Hajen, Kirchengemeinde Hajen
- Hämelschenburg, St. Marien-Kirchengemeinde
- Grohnde, Philipp-Spitta-Kirchengemeinde
- Lüntorf, Kirchengemeinde Lüntorf
- Ohsen, Petri-Kirchengemeinde